Несмотря на небольшую протяжённость Скоростной системы залива Сан-Франциско, разброс тарифов на разовую поездку впечатляет: от $2.10 до $17.50, в зависимости от дальности и дополнительных сборов (например, из/в аэропорт).

Кроме того, существует особый сбор в $6.20 для тех, кто хочет просто посмотреть (то есть зайти и выйти на той же станции).

Многоразовый непополняемый магнитный билет в момент покупки заряжается на произвольную сумму, но при этом не слишком удобен: для того, чтобы приучить пассажиров к пластику, за каждую поездку (в том числе и за только посмотреть) взимается дополнительные 50 центов. При этом пополнить его в каком-то смысле можно, просто при пополнении выдаётся новый билет, на который приплюсовывается остаток. После каждого прохода (вернее – после выхода, полная цена поездки калькулируется именно на выходе) на билете печатается оставшаяся сумма.

Пластик Clipper оформляется за $3 (невозвратно) и позволяет оплачивать поездки только с кошелька (так же, как и картон), при этом существует небольшой дисконт при крупном пополнении: $48 за $45 и $64 за $60.

Каких-либо дополнительных скидок внутри системы нет, но на карту можно записать муниципальный единый на месяц (San Francisco «A» Pass) за $98; правда, поездки по такому безлимиту ограничены границами города Сан-Франциско (скоростная система частично выходит за рамки).